Alors voilà, l'histoire se passe deux mois après la "destruction de Xana". Depuis ce jour, Jérémy a changé. Pour les autres et Aelita, Jérémy déprime et personne ne peut rien faire... Le fait de la "disparition du Lyoko" a rendu Jérémy distant et indifférent envers Aelita. Or, en ce jour, une nouvelle arrive au collège. Elle s'appelle Stella, soi disant origine polonaise, et passe ses 6 derniers mois dans la classe de la bande. Son arrivée ici, va tout changer. Jérémy va découvrir que le jour même ou Stella est arrivée, le supercalculateur s'est rallumé. Rien de bien dangereux pour l'instant. mais Jérémy ne reste pas ordinaire face à ce mystérieux réveil. Quand aux autres, s'inquiétant, ne savent pas de quoi cela pourrait provenir. Quelques jours plus tard, Stella commence à connaitre tout le monde et essaye de s'approprier Odd. Odd rentrant dans son jeu eu un coup de foudre pour elle. Mais Ulrich le remet sur le droit chemin. Le fait que Jérémy soit préoccupé par le supercalculateur, il ne fait plus attention à Aelita. Aelita se sentant invisible à ses yeux, va se réfugier dans la maison de l'Hermitage. Heureusement, Odd est là pour la consoler! Jérémy se rend compte que Xana a survécu et qu'il est de retour encore plus puissant! Il prévient les autres qui s'alarment directement. Aelita se méfie de Stella. Odd et Aelita vont se rapprocher énormément jusqu'à tomber amoureux, quand à Jérémy ,aveugle, ne s'en préoccupera pas. En ce qui concerne Ulrich, celui-ci va tomber sous le charme de Stella (Elle est super belle) Yumi voyant cela, fera tout pour le rendre jaloux en trainant avec William. Stella rentrera dans la bande et les aidera à combattre Xana, même si Aelita ne l'aime pas... Yumi va se détacher du groupe en restant avec William. Stella la remplacera. A la fin, tout le monde se rendra compte qu'ils ont fait un erreur: Stella n'est qu'une personne sous l'emprise de Xana, son seul but est d'éliminer tous les lyokoguerriers (même William). Elle va échouer et va retourner dans la mer numérique, Jérémy essayera des milliers de programme pour la libérer de Xana. mais il se rendra compte que ce n'était pas comme William et qu'il est impossible de la libérer... Yumi reviendra parmi eux, avec William. Ulrich triste de la disparition de son amour, s’isolera dui groupe un certain moment…Qu'en pensez-vous? Si vous avez des conseils n'hésitez pas! =D